古傳によれば、この机崎神社は奈良時代、聖武天皇の天平年間（1250年前）頃背後の稲積山に五穀産業開運の祖神である大国主大神、宇迎魂大神、猿田彦大神を御祭神として奉斎したに始まる。
平安時代延長三年（925年）稲虫が大発生して、二年に亘り五穀に大きな被害を与え、住民の生活が困窮に瀕した時、一心なる祈願の結果神助を得、さしもの悪虫も消滅し去ったのである。歓喜した住民は御神徳に感謝し、稲積山に宮柱を新たに造営して、稲積神社と呼称して盛んな祭祀を営んだ。
鎌倉時代初期建久三年（1192年）益田兼高が七尾城主となるや、稲積の山頂を削平し、更に修復を加え社地を献納する等して神威いよいよ増した。その後、南北朝時代初期興国二年(1341年)の争乱に石見の国司日野邦光が、この稲積山頂に砦を築いて戦った。この時山頂の神社をこの地に遷座し、机崎神社と称するようになった。
正保三年(1648年)旅人の失火によって、本殿と拝殿を消失したが、辛うじて御神体を奉遷し、仮宮を建てて祀った。かくて、明和八年(1771年)本殿及び舞殿を造営し、拝殿と鳥居は文化八年(1811年)再建されたのであるが、昭和38年本殿を大修復し、更に昭和52年に創建1225年祭を機に拝殿を新改装して今日に至っている。
現在も五穀産業開運の守護神として、広く崇敬され、その地域は当地方はもとより遠く山口県まで及んでおり、毎年の例祭の外、植付祭、いの子祭の古傳祭が今も行われている。

下の写真集は、平成２９年１０月に行われた例大祭の様子です。